Juste après l'évasion de la Citadelle effondrée, Gordon Freeman et sa compagne Alyx Vance apprennent que les Combine ont utilisé la destruction pour ouvrir un portail, afin d'amener des renforts puissants. Aucun changement majeur n'a été apporté au gameplay depuis l'épisode précédent, au lieu de cela, les joueurs seront invités à expérimenter avec le pistolet à gravité et d'autres objets physiques à utiliser comme munitions improvisées. L'Épisode Deux ramène tous les éléments emblématiques de la série, y compris des énigmes physiques et des sections de conduite, car il a été développé simultanément avec l'Épisode Un, mais contrairement au premier, l'Épisode Deux propose plus d'énigmes, y compris la plus grande énigme de la série à ce jour.