Depuis l'incident sur l'île de Shadow Moses, la technologie top secrète de Metal Gear a été divulguée sur le marché noir à travers les machinations de Revolver Ocelot. En conséquence, d'innombrables variations de Metal Gears ont émergé aux quatre coins du globe, rendant cette arme de plus en plus courante dans les forces armées des puissances nucléaires. Au milieu de tout cela, Solid Snake, désormais membre du groupe anti-Metal Gear "Philanthropy", a appris qu'un nouveau prototype de Metal Gear a été développé par les Marines américains et est transporté en secret vers une destination inconnue. Pour en savoir plus sur cette nouvelle machine, Snake doit infiltrer le transport, déguisé en pétrolier, alors qu'il descend le fleuve Hudson. Juste au moment où Snake s'apprête à commencer sa mission, cependant, le navire est saisi par un groupe mystérieux et bien armé déterminé à voler le nouveau Metal Gear pour ses propres fins néfastes.