L'intrigue d'Arkham City commence un an et demi après les événements d'Arkham Asylum. Quincy Sharp, ancien directeur de l'Hôpital Psychiatrique d'Arkham, est devenu maire de Gotham et a créé la prison "Arkham City". Les prisonniers d'Arkham City ne sont contrôlés par personne à l'intérieur de ses frontières, ils sont seulement interdits de fuir... Tous les personnages habituels du jeu sont présents - Joker, Double-Face, Catwoman, Ra's al Ghul, James Gordon et d'autres. Chaque vilain individuellement et tous ensemble donnent à Batman des missions difficiles qui font avancer le jeu. Arkham City propose un monde ouvert. Tous les gadgets d'Arkham Asylum sont disponibles pour le joueur dès le début. Beaucoup d'entre eux sont améliorés, et il y a aussi de nouveaux gadgets. Le jeu dispose d'un "Mode Détective" - les squelettes des ennemis sont mis en évidence, il est possible de réaliser diverses analyses, par exemple, de suivre la trajectoire d'une balle de sniper. Il y a également accès à une base de données qui suit les vilains dans la ville. À un certain moment de l'histoire, il est possible de jouer en tant que Catwoman. Elle dispose d'un équivalent du "Mode Détective" - le "Mode du voleur". La direction artistique et la bande sonore sont très atmosphériques, douces, mais transmettent une claire sensation de mélancolie et d'horreur, parfaitement en accord avec l'esprit de l'intrigue et des personnages.